Собор является местом захоронения всех русских царей, начиная от Петра I и заканчивая Александром III. Останки имперских мучеников, Николая II , семьи и его свиты были так же захоронены здесь, в Капелле Святой Екатерины, во время восьмидесятилетней годовщины с момента их смерти, 17 июля 1998 года. К концу 2006 года останки вдовы, императрицы Марии Федоровны, были перевезены из собора в Роскилле, (пригород Копенгагена) чтобы дать ей покой вместе с её мужем, Александром III.

В 1896—1908 годах рядом с Петропавловским собором по проекту архитектора Д. Грима и при участии архитекторов А. Томишко и Л. Бенуа была сооружена великокняжеская усыпальница. Она была сооружена по приказу перемещения останков некоторых не властвовавших Романовых из собора, где едва ли хваталоместа для новызахоронений.

Другое строение внутри крепости включает в себя все ещё работающий Монетный двор( построенный архитектором Антонио Порто), Трубецкой и Алексеевский бастионы со своими ужасающими клетками для заключенных, и городской музей. Согласно многолетним традициям, из пушки бастиона Нарышкина производится ежедневный полуденный выстрел.